En Haute-Garonne, le réseau de sites Natura 2000 abritant des milieux, des espèces animales et végétales rares, fragiles ou caractéristiques, se compose de 12 sites 8 d’entre eux concernent des zones spéciales de conservation (ZSC) visant à assurer la conservation des habitats naturels et habitats d’espèces au titre de la Directive Habitats Faune-Flore 4 portent sur des zones de protection spéciale (ZPS) visant à assurer la conservation des espèces d’oiseaux au titre de la Directive Oiseaux.
Ce réseau Natura 2000, couvre 46600 ha soit 7,5% de la superficie du département. Une cartographie interactive permet de visualiser les parties du territoire concernées.
8 sites sont situés dans le sud du département sur le piémont et le massif pyrénéen, les 4 autres sur les cours d’eau tel que la Garonne, ses principaux affluents, ainsi que le Tarn.
Plus de 80 types d'habitats naturels ou semi-naturels d’intérêt communautaire ont ainsi été inventoriés et cartographiés, au premier rang desquels on trouve :
- des zones humides avec les cours d’eau (la Garonne est le seul fleuve européen à accueillir les 8 espèces de poissons migrateurs parmi lesquels le saumon, l’alose, l’anguille), leur ripisylve, des prairies humides, des tourbières... ;
- des milieux ouverts souvent associés à une gestion agricole (pratique de l'élevage, pastoralisme...), avec leurs cortèges de papillons, d’orchidées, de chauves-souris... ;
- des milieux forestiers fréquentés par la Rosalie des Alpes, le Pic à dos blanc, le Grand Tétras, la Chouette de Tengmalm... ;
- des falaises où nichent de nombreux rapaces (Gypaète barbu, Vautour percnoptère, Faucon pèlerin, Hibou Grand-Duc...), et des zones rocheuses (Lézard des Pyrénées) ;
- des grottes où se reproduisent plusieurs espèces de chauve souris…
On a ainsi identifié 72 espèces d’intérêt communautaire : 12 mammifères (dont 9 chauves-souris), 13 invertébrés (principalement insectes du bois et papillons), 9 poissons sédentaires et migrateurs, 34 oiseaux et 4 plantes.
Chaque site est animé localement par un animateur. Le tableau ci-joint permet de connaître pour chaque site l'animateur et ses coordonnées et il fournit un lien vers le site du Museum National d'Histoire Naturelle pour connaître les habitats et espèces d'intérêt communautaire présents dans chaque site.
Les espèces les plus rares ou menacées font par ailleurs l’objet d’une attention toute particulière avec des plans nationaux d’action , comme l’ours, le desman, les chauve-souris, le gypaète barbu, le grand tétras ou le saumon atlantique.
La Direction Départementale des Territoires a réalisé une plaquette de communication présentant la démarche Natura 2000, l'ensemble des sites Natura 2000, la richesse écologique de la Haute-Garonne et le rôle essentiel des activités humaines dans la préservation de cette richesse. Autour de cette plaquette, une action de sensibilisation a été engagée avec l’éducation nationale auprès des écoles primaires de l’arrondissement du Comminges.Cette plaquette est téléchargeable .